入门前先把仁义礼智信都维持在负十以上，并确认自己没有拜入其他门派。流程从大梁城入门考验起步，再推进“儒门小较”“邙山墓穴”、摸金门事件与长生冢；想保住关键同伴，长生冢复命的时辰尤其重要。
第一次到馆门会被拦下，名声达到五级可直接进入；另一条路线是在大梁城考中解元，进门前还要答三副对子。考中举人一天后在大地图移动会收到齐王府邀请，拿到齐王引荐信便能免去五项考验，不过琴棋书画初见时的关系会偏低。
不用引荐信时，要在卯时至酉时完成大梁城五名角色的委托。回春堂附近治疗腿脚不便的老者，医术一百、曲忘忧或白头翁在队，或花二十贯买药都能取得仁字玉竹；替擂台附近的受伤拳师教训年轻人可得义字玉竹。珠光宝气楼石桥旁的老儒会让你依次去桥头、保国寺、齐王府和浮云客栈找草鞋，完成后拿礼字玉竹。
茶摊婆婆的五道题必须全部答对才能获得智字玉竹，答错可等次日重试。市集商贩的看摊事件要按原价卖出苹果、荔枝和甜瓜，贪图高价会降低信用，也拿不到信字玉竹。玉竹必须通过正常完成委托取得，暗取或击杀目标不会被蔡元常认可；复命时仍挂着其他门派弟子身份，同样会判定考验失败。
正式入门可在“春秋笔谱”和“流云飞扇”之间选一门武学，同时拿到对应兵器、儒生服与君子玉。拜孔子像、参加早课、做祭酒解惑与蔡攸之对诗可稳定增长贡献和关系。儒圣馆关系达到二十并经过一段时间后，接到“儒门小较”，获胜可拿“儒者之风”，它也是后续主线的开启条件。
完成小较后离开大成殿，弟子会通知蔡元常召见，随后接到“邙山墓穴”，并在“挥翰成风”和“君子好逑”中二选一。凌鸿轩若不在队，会重伤倒在机关门前的岔路；医术一百且体力足够可亲自治疗，也能让曲忘忧出面、使用九转金丹或割脉救人。放任不管会导致凌鸿轩死亡，凌梦蝶若在队也会随之自尽，不应把这段剧情直接跳过。
墓穴机关门至少需要三级机关术，想打开中央棺椁和周边宝箱则应练到四级。拒绝命不凡的平分提议并取胜，可以自行开棺拿三生石、玉蝉和推背图；同意合作会在接近中央棺椁后触发封闭，最后分得玉蝉与混元棍法。回馆交出玉蝉可换“盛世春秋”和五百门派贡献，保留玉蝉也仍有贡献，但拿不到这门内功。
“剿灭摸金门”要求先完成墓穴事件、把儒圣馆关系升到四十，并在子时帮助关系达到六十的蔡攸之闯过四贤风流阵。击败命不凡后，放他一条生路可以换取两条秘闻，其中包含后续会用到的谶语；拒绝则摸金门灭门，并获得地煞牌。两条路线复命都有两千贡献。
关系升到八十后可向蔡元常请教“灭天掌”。关系满百、已经闯过四贤风流阵且完成邙山墓穴时，“三教镇魔”才会触发；按指引分别找道玄宗重阳子与释法寺慧元，再回儒圣馆应战，之后前往霖安城云林寺石塔下的冰牢继续事件。若任务不出现，优先检查蔡攸之的闯阵是否完成，而不是反复进出大成殿。
“长生冢”需等级达到五十、完成小较且蔡元常关系满百。机关门要求三级机关术，周边宝箱要四级，中央棺椁则要五级；击败守鼎白猿后，驯兽达到四级还能互动。向铜鼎滴血会与心魔交战，准备好药品再触发，棺椁中的九转金丹和龙虱也可留给凌氏兄妹相关事件。
从长生冢回来不要立刻在白天复命。卯时至戌正，蔡攸之与琴棋书画会在大成殿参战，他们在这场战斗中倒下会永久死亡，战后琴棋书画也会离馆；改在戌正至寅时交任务，可让五人不在场。击败魔化蔡元常后再决定索要玄黄、退出门派或处理蔡元常，若已修炼“天魔噬魂术”，还会出现汲取修为的选择，但会让蔡元常与儒圣馆关系归零。
